UMSurabaya pada awalnya adalah terdiri atas beberapa lembaga pendidikan tinggi yang sudah ada. Lembaga-lembaga tersebut antara lain: Lembaga Fakultas Agama Jurusan Da’wah (FIAD) yang berdiri sejak 15 September 1964, Fakultas Tarbiyah Surabaya berdiri tahun 1975, IKIP Muhammadiyah Surabaya berdiri tahun 1980, Fakultas Syari’ah Surabaya berdiri tahun 1982, dan Institut Teknologi Muhammadiyah Surabaya berdiri tahun 1983.

Berdasarkan SK Menteri Pendidikan dan Kebudayaan RI No. 0141/0/1984, IKIP Muhammadiyah Surabaya, Institut Teknologi Muhammadiyah Surabaya, dan Fakultas Ekonomi Muhammadiyah Gresik digabung menjadi satu dengan nama ”Universitas Muhammadiyah Surabaya”. Seluruh jurusan yang ada di ketiga lembaga tersebut berdasarkan SK Mendikbud RI No : 0141/0/1984 diatas mendapat status TERDAFTAR.

Semula UMSurabaya terdiri atas tiga fakultas, yaitu fakultas keguruan dan ilmu pendidikan sebagai jelmaan dari IKIP Muhammadiyah Surabaya, Fakultas Teknik sebagai jelmaan dari Institut Teknologi Muhammadiyah Surabaya, dan Fakultas Ekonomi sebagai jelmaan dari Fakultas Ekonomi Universitas Muhammadiyah Gresik.

Pada tahun 1985 berdasarkan Surat Keputusan Pimpinan Wilayah Muhammadiyah Jawa Timur No : Kep/003-V/1985, Fakultas Da’wah (FIAD), Fakultas Tarbiyah dan Fakultas Syari’ah berinduk ke UMSurabaya, dan ketiganya tergabung dalam Fakultas Ilmu Agama Islam (FIAI).

Kemudian seiring dengan berkembangnya Universitas maka untuk memenuhi kebutuhan tenaga kesehatan, khususnya Ahli Madya Kesehatan, maka pada tahun 1992 Pimpinan Pusat Muhammadiyah Majelis Pembina Kesehatan melalui surat No: IV.B/4.a/220/1992 tanggal 14 Desember 1992 mengajukan permohonan pendirian pendidikan ahli madya kesehatan di lingkungan Muhammadiyah/Aisyiyah kepada Sekretaris Jendral Departemen Kesehatan RI. UM Surabaya termasuk salah satu yang dianjurkan untuk membuka program pendidikan yang dimaksud. Berdasarkan SK Menteri Kesehatan RI No : HK. 00.06.1.1.3331 tanggal 8 September 1993 secara resmi berdiri Akademi Keperawatan (AKPER) di lingkungan UMSurabaya.

Setelah AKPER berdiri, upaya terus dilakukan dalam rangka mencetak tenaga kesehatan, maka tahun 2001 Akademi Analis Kesehatan pun berdiri sebagai tuntunan untuk memenuhi tenaga analis dibidang kesehatan. Pada tahun 2007 AAK melakukan perpanjangan ijin penyelenggaran pendidikan dengan berdasarkan SK Dirjen Dikti No. 1409/D/T/2007 tanggal 8 Juni 2007.

Pada tahun 2006 membuka Program Studi Ilmu Keperawatan (SI) Fakultas Ilmu Kesehatan. Berdasarkan rekomendasi dari Badan Pengembangan dan Pemberdayaan Sumber Daya Manusia (BPPSDM) Departemen Kesehatan RI No. H.K.0312.4.1.03259 tanggal 24 Agustus 2005, Hasil visitasi Pengurus Pusat Persatuan Perawat Nasional Indonesia (PPNI) Nomor 553/PP.PPNI/K/X/2005 tanggal 5 Oktober 2005 dengan nilai 93,90 dan berdasarkan Keputusan Dirjen Dikti No.277/D/T2006 tanggal 30 Januari 2006 UMSurabaya telah diberikan ijin untuk menyelenggrarakan Program Studi iImu  Keperawatan (SI) Fakultas Ilmu Kesehatan.

Setelah Program Studi SI Keperawatan berdiri maka AKPER dan AAK yang semula berdiri sendiri berubah menjadi satu Fakultas dengan nama Fakultas Ilmu Kesehatan, maka sejak itu status AKPER  yang semula hanya memiliki ijin dari Depkes melakukan pengalihan ijin dari Depdiknas, dengan SK Dirjen Dikti No. 36/D2.3/M/2006 tanggal 20 April 2006 tentang pengalihan SK/Ijin penyelenggaraan.

Dalam rangka memenuhi tuntutan akan kebutuhan tenaga kesehatan dalam hal ini adalah bidan, dengan berbagai pertimbangan masih tingginya kebutuhan bidan untuk menurunkan angka kematian ibu dan anak dalam upaya peningkatan kesehatan  ibu dan anak, maka berdasarkan Keputusan Dirjen Dikti No. 006/D/T/2006  tanggal 4 Januari 2007 UM Surabaya diberikan ijin untuk menyelenggarakan Program Studi D3 Kebidanan.

Kemudian pada tahun 2008 dalam mengembangkan pelayanan kesehatan manusia secara komprehensif khusunya  dalam menangani masalah psikologis manusia, maka fakultas ilmu kesehatan membuka program studi psikologi dengan berdasarkan Keputusan Dirjen Dikti No. 2001/D/T/2008 tanggal 25 Juni 2008.